MOT290 BIOINFORMATIKK - MOT290 BIOINFORMATICS (English site)

• FORKUNNSKAPER: TE 611 Biokjemi, RTE 596 Bioteknologi, TE 6033 Biofysikalsk kjemi, TE 6535 Bioteknologiske metoder
• INNHOLD: Grunnlag i Internett, FTP-protokoll, gopher, World Wide Web, Genbank, strukturdatabaser, sekvensanalyser, primerkonstruksjon for PCR, lokale og globale multippel sekvensanalyser, fylogenetiske analyser, prediktive metoder ved bruk av nukleinsyre- og aminosyresekvenser og sende data til en database.
• UNDERVISNING: Vårsemesteret. 4 timer forelesning + praktiske øvinger med ca. 5 timers omfang hver uke.
• PENSUM: T K Attwood and D J Parry-Smith: Introduction to bioinformatics og J B Steffensen: Innføring i HTML.
• EVALUERING: Hjemmeeksamen Tallkarakter.
• HJELPEMIDLER TIL EKSAMEN: Alle hjelpemidler tillatt.
• FAGLIG ANSVARLIG: Peter Ruoff

Hva er bioinformatikk? Jo, bruk av IT til behandling og analyse av biologisk informasjon. I dette kurset, høsten 2000, har vi sett på følgende problemstillinger:

• Lag din egen hjemmeside ved å bruke programmeringsspråket for web-sider, HTML.
• Finn et enzym som finnes i flere ulike organismer og kjør en multippel sekvens alignment. Lag et fylogenetisk tre utfra alignment for å antyde hvilke organismer som er mer eller mindre i slekt.
• Beskriv PCR (Polymerase Chain Reaction) prosessen. Finn primere ved hjelp av web-programmet Primer3.
• Beskriv FRQ-proteinets funksjon, finn dets kjernelokasjonssekvens (NLS), undersøk de ulike mutantene som finnes og se på proteinstabilitet (PEST).
• Beskriv 14-3-3 proteinets funksjoner, finn EF hand-like motif i 14-3-3 isoformen GF14 og finn 3-D strukturen til 14-3-3.

Eksamen vår 2001

Eksamen vår 2002

Eksamen vår 2003

Eksamen høst 2003

Eksamen vår 2004

Eksamen høst 2004

Eksamen høst 2006

Eksamen høst 2007 [English version]