ØVING 1

Bioinformatikk TES 8047

Oppgave 1

Beskriv i korte trekk hva som menes med HTML og hvordan en HTML side er bygget opp. Nevn filformater for grafikk, tekst, lyd og video som inngår i en HTML side. Hva er fordelen med HTML?

HTML står for HyperText Markup Language.

HTML er et sett av koder som benyttes for å lage et HTML-dokument. Kodene i HTML-dokumentet forteller en nettleser (Netscape Navigator/Internet Explorer) hvor og hvordan den skal vise ord, bilder og andre elementer som et World Wide Web (WWW)-dokument på WWW.

Et HTML-dokument er egentlig en ASCII-fil bestående av normal tekst pluss bestemte koder som gjør at filen kan tolkes som et WWW-dokument.

Et HTML-dokument kombinerer ulike elementer som tekst, grafikk, lyd og video i en tekstfil. Dette gjøres ved at tekstfilen refererer til de andre filtypene og kobler dem til HTML-dokumentet slik at de vises (og eventuelt høres) på WWW-dokumentet.

Filformater og extension:

	Format	Extension
Grafikk	jpeg format gif format	.jpeg/jpg .gif
Tekst	ren tekst format	.txt
Lyd	wav format	.wav
Video	quicktime for video format mpeg format	.mov .mpg

Et WWW-dokument består ikke bare av den teksten man umiddelbart kan se, men også av øvrige dokumenter som det pekes på eller henvises til. Fordelen med WWW-dokumentet er mulighetene dette gir til å kombinere avsnitt, kapitler og hele tekster på tvers av normal tekstoppbygging og til å kombinere tekst med andre elementer som grafikk, lyd og video. Dessuten kan man, i forbindelse med WWW, opprette forbindelser til nettsteder over hele verden.

Siden HTML-kodene er enkle, er det forholdsvis lett å komme i gang med å konstruere sin egen hjemmeside. Språket har også den fordelen at datamaskiner med forskjellig plattform er i stand til å forstå språket.

Alle nettlesere kan forstå en viss standard for HTML. Det er allikevel et problem at forskjellige nettlesere har bestemte HTML-elementer de ikke forstår.

Oppgave 2

Beskriv kort oppbyggingen av en HTML side. I hvilket format er den skrevet? Hvilken extension har den?

Den grunnleggende strukturen for et enkelt HTML-dokument kan se slik ut:

<HTML>

<HEAD>

<TITLE> Dokumentets tittel </TITLE>

</HEAD>

<BODY>

Litt tekst

</BODY>

</HTML>

<HTML> forteller at et HTML-dokument begynner.

</HTML> forteller at HTML-dokumentet slutter.

(Skråstreken forteller at flagget er et slutt-flagg).

Mellom <TITLE> og </TITLE> skrives det som skal stå i tittelfeltet i nettleseren.

Mellom <HEAD> og </HEAD> angis dokumentets hovedopplysninger.

Mellom <BODY> og </BODY> skrives alt innholdet på siden.

For min egen hjemmeside tok jeg utgangspunkt i denne strukturen. Jeg bestemte formålet med siden og hvilke elementer jeg ville ha med.

Formål: Kort beskrivelse av meg selv og mine faglige interesser

Elementer: Tekst, tabell med hyperlinker, bilde og tilgang til e-post adresse.

Formatet til en HTML side ren tekst format og den har extension .html eller .htm.

Oppgave 3

Lag et forslag av din personlige hjemmeside.

Kildekodene til hjemmesiden min:

<html>

<head>

<title>Hilde Ånensen, Høgskolen i Stavanger</title>

</head>

<h1 align=center>Velkommen til Hildes hjemmeside</h1>

<img border="0" src="Hilde_bilde.jpg" width=150 height=196 hspace=30 align=left vspace=10 alt="Dette er meg, Hilde Ånensen">Jeg heter Hilde, er 28 år og bor i <a href="http://www.destinasjon-stavanger.no/">Stavanger.

</a> Jeg er

utdannet sivilingeniør i teknisk realfag ved <a href="http://www.his.no/">Høgskolen

i Stavanger</a>, og holder nå på med doktorgrad i molekylærbiologi på samme

sted.

Prosjektet jeg deltar i har som mål å karakterisere

skadeprodukter som oppstår i DNA etter oksidativ påvirkning, og å undersøke

hvordan disse skadene blir reparert. Spesielt konsentrerer jeg meg om skaden

5-formyluracil (5-foU). 5-Formyluracil

er en baseskade av tymin i DNA som fører til mutasjoner ved å danne feil

baseparinger. Vi har vist at 5-foU

i tillegg til å danne basepar med adenin (som ikke gir mutasjoner) også kan

danne basepar med guanin, cytosin og tymin og dette gir forskjellige

basesubstitusjonsmutasjoner. 5-FoU ser dermed ut til å danne baseparinger med

alle naturlige baser i DNA. Arbeidet med å undersøke induksjonen av mutasjoner

ved 5-foU er gjort med E.coli-stammer/mutanter som er defekte i base- og

nukleotidutkuttingsreparasjon, SOS-indusert mutagenese eller SOS-respons: alkA,

uvrA, alkA uvrA, xth nfo, umuC, dinP og lexA3. Alle disse er undersøkt i

forhold til villtypen. Prosjektet er et samarbeidsprosjekt mellom prof. Erling Seeberg,

Rikshospitalet, og <a href="mailto:svein.bjelland@tn.his.no"> Svein

Bjelland</a>, Høgskolen i Stavanger.

I løpet av doktorgradsutdannelsen er det anbefalt å ha et

utenlandsopphold, og våren 2000 reiste jeg derfor til <a href="http://www.sandiego.org/">San

Diego</a> i California. Under utenlandsoppholdet mitt deltok jeg i forskningen

på <a href="http://cancer.ucsd.edu/">UCSD Cancer Center</a> ved <a href="http://www.ucsd.edu/">University

of California San Diego.</a> Der fikk jeg opplæring og trening i å dyrke og håndtere

kreftceller. Dessuten var testing av ulike typer cellegift og virkningen av

disse en sentral del av arbeidet mitt.

<tr>

Oppgavene mine

</td>

Sider som kan være av interesse

</td>

Øvinger

</td>

</tr>

<tr>

<ul>

<li>

<a href="Hilde_kandidatoppgave.doc">Kandidatoppgave (Word dokument)</a>

</li>

<li>

<a href="Hilde_hovedoppgave.doc">Hovedoppgave (Word dokument)</a>

</li>

</ul>

</td>

<ul>

<li>

</li>

<li>

<a href="http://www.uib.no/aasland/gensidene/start.html">GENsidene</a>

</li>

</ul>

</td>

<ul>

<li>

<a href="Hilde_ovelse1.htm">Øving 1</a></li>

<li>

<a href="Hilde_oving2.htm">Øving 2</a>

</li>

<li>

<a href="Hilde_oving3.htm">Øving 3</a>

</li>

</ul>

</td>

</tr>

</table>

<center>Adressen min: Hilde Ånensen

Høgskolen i Stavanger, Boks 2557 Ullandhaug, 4091 STAVANGER.

Telefon: 47 51 83 10 44

e-post adresse: <a href="mailto:hilde.aanensen@tn.his.no">

hilde.aanensen@tn.his.no</a>

</body>

</html>

Oppgave 4

Hva betyr ftp? Beskriv hvordan man kan overføre en fil ved hjelp av ftp.

FTP står for File Transfer Protocol og er en protokoll for overføring av filer mellom to datamaskiner.

Etter at en bruker har logget seg på en FTP-tjener, kan brukeren blant annet liste filer og kataloger og overføre filer i begge retninger. En FTP-tjener har en adresse og man kan logge seg på FTP-tjenerne via f.eks. Netscape.

(FTP-tjener: nettverkstjener som tilbyr en FTP-tjeneste, og som inneholder filer som kan lastes ned via FTP).

Mer detaljert beskrivelse av hvordan man kan overføre en fil ved hjelp av FTP:

FTP kjøres som en klient/tjener-modell. For å kontakte FTP tjeneren som du vil laste ned filer fra, må du kjøre FTP klient programvaren på din egen datamaskin. FTP tjeneren kjører et program som kalles FTP deamon. Når så FTP klienten kontakter tjeneren, vil deamonen spørre etter brukernavn og passord. (Mange FTP steder lar alle logge seg på for å laste ned filer og programvare. Dette kalles anonym FTP. Med anonym FTP bruker du ofte ordet ”anonymous” som brukernavn og e-postadressen din som passord). Etter at du har logget deg på FTP tjeneren blir en forbindelse som kalles en kommando-forbindelse åpnet mellom datamaskinen din og tjeneren. Ved hjelp av kommando-forbindelsen kan du sende kommandoer til tjeneren fra datamaskinen din og få meldinger og informasjon tilbake fra tjeneren.

Når du sender en kommando for å laste ned filen du ønsker åpnes en ny forbindelse mellom datamaskinen din og tjeneren. Denne forbindelsen kalles en data-forbindelse. Via data-forbindelsen kan filen lastes ned fra tjeneren til datamaskinen din. Etter at filen er lastet ned lukkes data-forbindelsen automatisk. Kommando-forbindelsen er fremdeles åpen og du kan derfor fremdeles endre kataloger eller laste ned flere filer. Etter at du er ferdig, logger du deg av og kommando-forbindelsen lukkes. Nå er du ikke forbundet med FTP tjeneren lenger.

Hildes hjemmeside