Utførelse av øving 2:

Beskrivelsen av 3-metyladenin DNA glykosylase:

Litteraturen/opplysningene om enzymet er funnet i diverse artikler og gjennom søk på Internett.

Organismene:

Brukte Entrez (system for å søke i mange forskjellige databaser) på NCBIs hjemmeside.

Søkte i både nukleotidsekvensdatabase (Genbank) og proteinsekvensdatabase etter organismer med enzymet.

Brukte "Diplay FASTA" for å få sekvensene skrevet i FASTA-format.

Multippel sekvensanalyse:

Lastet ned ClustalX fra Internett. Måtte lese store deler av Hjelp-menyen for å komme i gang.

ClustalX krevder at sekvensene som skal analyseres er i en enkelt fil og i et bestemt format. FASTA-format ble brukt siden en valgmulighet i nukleotid- og protein-sekvensdatabasene var å skrive sekvensene i nettopp dette formatet. Ren-tekst-filen med sekvensene i FASTA-formatet ble laget i Notisblokk.

Utførelse i ClustalX:

File, Load Sequences.

Alignment, Do Complete Alignment. *.aln og *.dnd filene som lages da må lagres sammen med ClustalX.exe programfilen.

File, Write Alignment As Postscript. Postscriptfilen kunne skrives ut på skriveren, det var verre å få den lagt ut på hjemmesiden (se senere).

Trees, Draw N-J Tree. Lager en *.ph fil (PHYLIP format) som senere ble brukt til å tegne fylogenetiske tre i tre-plottingsprogrammene Drawtree og Drawgram.

Colors, Load Color Parameter File. For å utføre en sekvensanalyse der de sure og basiske aminosyrene fargelegges med hver sin farge, måtte en ny farge-fil lages. Fant fil-oppsettet i et Hjelp-emne, og skjønte etter mye prøving og feiling at filen måtte lagres som *.PAR (sammen med Clustal.exe filen), at markøren i fargefilen måtte være plassert helt til slutt i filen for at alle de ønskede basene skulle fargelegges og at koden som ga de forskjellige aminosyrene forskjellig farge krevde mellomrom på begge sider av likhetstegnet (k = RED).

Å få postsript-filen av sekvensanalysene lagt ut på nettet var et stort problem. Eneste lagrings-alternativ i ClustalX er som postscript-fil, og å finne programmer for å konvertere fra postscript til et grafikk-format var ikke lett. Flere grafikk-programmer ble prøvd, blant annet Paint, Imaging, Word, Foto Editor, Adobe Illustrator.... Scanning ga utydelig resultat både når sekvensene ble lagret som *.jpg, *.gif, *.tif eller *.bmp og importert i et skriveprogram eller tegneprogram (selv etter alle tenkelige justeringer av lysstyrke, oppløsning…..). Tilslutt ble GhostView løsningen. Programmet kunne åpne postscript-filer og lagre dem som f.eks *.jpg. *.jpg filen kunne åpnes i Foto Editor og redigeres (lysstyrke, størrelse, kontrast..). En link knyttet så *.jpg-filen til hjemmesiden min.

En nødløsning før dette ble funnet ut, var å bruke BoxShade til å konverter *.aln-filen laget i ClustalX til *.rtf-fil. *.rtf-filen kunne importeres i Word, men fargene forsvant. Å fargelegge en og en base ble for mye arbeid. Løsningen ble "søk og erstatt"-funksjonen. Med ”søk og erstatt” funksjonen kunne f.eks alle svarte G’er byttes ut med grønne G’er automatisk, og på den måten kunne de basiske, sure, hydrofobe og hydrofile aminosyrene farges med forskjellig farge.

Fylogenetisk tre:

Lastet Drawgram og Drawtree ned fra Internett. Drawgram og Drawtree er tre-tegningsprogrammer, og igjen måtte store deler av Hjelp-menyen leses for å komme i gang.

Begge programmene krever at tre-filene som skal tegnes, er i et bestemt format. *.ph-filen laget i ClustalX er i dette formatet (PHYLIP format). Den må lagres sammen med drawgram.exe og drawtree.exe filene. I tillegg kreves en font-fil (som jeg trodde jeg måtte lage selv, helt til jeg oppdaget at det allerede var seks forskjellige font-filer å velge mellom. De var lagret sammen med *.exe filene).

Utførelse i Drawtree og Drawgram:

Åpne programmet

Skriv inn navnet på tre-filen (*.ph)

Skriv inn navnet på font-filen (f.eks font1)

Utfør eventuelle endringer eller aksepter (Y)

En forhåndsvisning kommer opp der man kan gjøre endringer (File, Change Parameters).

File, plot. Oppretter en ”plotfile” som lagres sammen med .exe filene. Husk å gi den navn og extension (*.ps).

Et problem var å få navnene på organismene leselige. Det måtte mye redigering til.

Et annet problem var at jeg hadde 10 organismer, men på treene var det 12 grener! To av grenen hadde navnet ”ae”. Tilslutt oppdaget jeg at Chlamydophila pneumoniae og Saccharomyces cerevisiae manglet ”ae” i slutten av navnet. Disse navnene var rett og slett for lange for tre-tegningsprogrammene, som derfor lagte to nye grener og ga dem navnet ”ae”! Løsningen ble å bruke forkortelsene C. pneumoniae og S. Cerevisiae.

For å få treene på hjemmesiden min ble samme metode som for sekvensanalysene benyttet. (Treene ble dessuten fine når de ble scannet og lagret som *.jpg, så denne metoden kunne også vært brukt).

Tilbake til øving 2
Hildes hjemmeside